حکومت ملكشاه :پس از قتل آلپ ارسلان ، ملكشاه به قدرت رسيد و نظام الملك را به جاي خويش نگه داشت . اوج قدرت سياسي سلجوقيان در دوره ي بيست ساله ي حكومت ملكشاه با وزارت خواجه نظام الملك بود. قلمرو سلجوقيان در اين عهد به وسيع ترين حد خود رسيد ( 465- 485 هجري) و كارهاي عمراني در بسياري از شهرها به ويژه اصفهان و همدان انجام شد. (ابن اثير، الكامل ، ج7 ، ص190 – محمد بن علي بن سليمان راوندي ، راحه الصدور و ايه السرور ، به سعي و تصحيح محمد اقبال ، تهران: علمي،ص67 )

سياست هاي خواجه در جهت تثبيت امور ، ايجاد امنيت عمومي و به نظم درآوردن قواعد اخذ خراج او را به عنوان « يكي از بزرگترين وزرايي كه شرق تا كنون ديده » مورد ستايش مورخين درآورده است (برتولد اشپولر، تاريخ ايران در قرون نخستين اسلامي ، ترجمه قمر آريان پور .  تهران : امير كبير1354  ، ص132 ) وي تصميم گرفت كه شهرها و  آبادي ها را به عنوان تيول بين سپاهيان تقسيم كند تا آنان براي درآمدهاي آتي خويش به فكر آباداني مناطق خويش باشند و گويا اين كار او به ثمر رسيد و بر اثر اين سياست « در كمترين مدت به بهترين صورت شهرها آباد شدند.» (اصفهاني بنداري ، زبده النصره .ص50)

در اواخر حكومت ملكشاه بين او و خواجه نظام الملك كدورت و خصومت پيش آمد كه دلايل آن عبارتند از: نخست آن كه او به هر يك از فرزندان و خويشان خود پست و مقامي اعطا كرده بود و برخي از آنان از قدرت خود سوء استفاده  مي كردند و در پي درگيري يكي از اين افراد با فرستاده ي ملكشاه اختلاف بالا مي گيرد.( ابن اثير، الكامل ، ج7  ، ص181 ) ديگر آنكه تركان خاتون همسر ملكشاه و مادر محمود مي خواست با كمك تاج الملك ابو الغنايم پارسي فرزند خردسال خود را وليعهد كند در حالي كه تمايل ملكشاه و خواجه به وليعهدي بركيارق فرزند زبيده خاتون بود و همين موجب خصومت تركان خاتون با وي و بدگويي او از خواجه نزد ملكشاه گرديد . ( راوندي ،‌ راحه الصدور ، ص134 ) ملكشاه با وجود تيرگي روابط خود با خواجه از عزل او تا آخرين زمان خودداري كرد ، تا آن كه خواجه در سال 485 به وسيله يكي از فداييان اسماعيلي كشته شد و شايع گرديد كه اين واقعه با رضايت ملكشاه به وقوع پيوست. ملكشاه نيز پس از مدت كوتاهي بر اثر مسموميت فوت كرد . (ابن فندق ، تاريخ بيهق ، به سعي احمد بهمنيار،  تهران :فروغي ،بي تا  ، ص76. )